Пока команда SG-1 пытается уничтожить Ба'ала, последнего лорда гуаулдов, Тил'к и Вала загадочным образом исчезают. Картер, Дэниел и Митчелл понимают, что был нарушен временной континуум и программа по исследованию звездных врат стерлась из истории. Герои пробуют донести свою непростую мысль до властей, но на орбиту прибывают крейсеры гоаулдов во главе с Ба'алом, королевой Катеш и премьер-министром Тил'ком. Команде SG-1 нужно найти звездные врата и восстановить правильный ход вещей прежде, чем мир будет порабощен захватчиками.

Команда SG-1 начинает поиски артефакта, Ковчега истины, способного нанести поражение армии противника. Вскоре герои узнают о существовании суперворот, сквозь которые Орайи хотят отправить на Землю свою армаду для ее полного уничтожения. Артефакт находится в родной галактике Орайев, и SG-1 отправляется в путь, чтобы предвосхитить атаку. Но у комитета по ассигнованиям есть собственные планы, и SG-1 оказываются в далекой галактике меж двух могущественных врагов.

Доктор Дэниел Джексон, используя технологии древних, находит координаты затерянного города Атлантида, и доктор Элизабет Вейр собирает международную экспедицию для его исследования. Проблемой становится только то, что он находится в другой галактике - галактике Пегаса. Но для путешествия даже между галактиками через звёздные врата требуется очень много энергии - столько, сколько может выдать только МНТ. Но на Земле есть только один такой источник энергии. Таким образом, изначально предполагается, что если в Атлантиде не найдётся другой МНТ, то это будет путешествие в один конец.

«Звездные врата» соединяют далекие пределы Млечного Пути и открывают двери для мгновенного межпланетного перемещения. Отряд ЗВ-1 с их помощью исследует нашу галактику и защищает Землю от нападок пришельцев.