Загадочный и суровый одиночка Снейк Айз спасает наследника древнего японского клана Арасикагэ, и в знак признательности клан открывает ему тайные знания пути ниндзя. Но главное: Снейк Айз обретает то, к чему так долго стремился, - дом. Однако, когда становятся известны секреты его прошлого, на кону оказываются его честь, преданность и доверие самых близких людей.

Япония, начало XVII века. Английский штурман Джон Блэкторн терпит крушение и попадает в закрытую для европейцев Страну восходящего солнца, где проходит путь от пленника на грани жизни и смерти до правой руки борющегося за власть самурая Торанаги.