Пока команда SG-1 пытается уничтожить Ба'ала, последнего лорда гуаулдов, Тил'к и Вала загадочным образом исчезают. Картер, Дэниел и Митчелл понимают, что был нарушен временной континуум и программа по исследованию звездных врат стерлась из истории. Герои пробуют донести свою непростую мысль до властей, но на орбиту прибывают крейсеры гоаулдов во главе с Ба'алом, королевой Катеш и премьер-министром Тил'ком. Команде SG-1 нужно найти звездные врата и восстановить правильный ход вещей прежде, чем мир будет порабощен захватчиками.

Доктор Дэниел Джексон, используя технологии древних, находит координаты затерянного города Атлантида, и доктор Элизабет Вейр собирает международную экспедицию для его исследования. Проблемой становится только то, что он находится в другой галактике - галактике Пегаса. Но для путешествия даже между галактиками через звёздные врата требуется очень много энергии - столько, сколько может выдать только МНТ. Но на Земле есть только один такой источник энергии. Таким образом, изначально предполагается, что если в Атлантиде не найдётся другой МНТ, то это будет путешествие в один конец.